Bei Verlegungen der Harnröhre durch z.B. solche Harnsteine kann kein Urin mehr abgesetzt werden und eine sofortige Vorstellung beim Tierarzt ist erforderlich. Kater sind am häufigsten betroffen (FLUTD/FIC). In vielen dieser Fälle wird eine Verkürzung der Harnröhre nötig. In diesen Fällen wird der sich sehr eng verjüngende Teil der Harnröhre entfernt (perineale Urethrostomie/Penisresektionsplastik) und so eine Abflussmöglichkeit mit weiterem Lumen für den Harn und etwaige Kristalle geschaffen. Aber auch Tumoren an Harnblase und Nieren können Operationen am Harnapparat nötig machen (z.B. Nephrektomie, Probennahme der Harnblasenwand, Nierenbiopsie).

Seltener sind sog. ektopische Ureteren. Bei dieser angeborenen Anomalie münden einer oder beide Harnleiter nicht in die Blase sondern z.B. in die Harnröhre ein. Die kann zu juveniler Inkontinenz führen.