Die Aufnahme von Fremdkörpern ist eine häufige Indikation für Operationen am Magen-Darm-Trakt. Gelangen diese durch den Magenausgang in den Darm, sind sie nicht mehr endoskopisch zu entfernen. Je nach Größe und Form kann es zu einer Teil- oder kompletten Obstruktion (Darmverschluss/Ileus) kommen. Bei fadenförmigen Fremdköpern, wie z.B. Zahnseide oder Wolle, besteht vor allem die Gefahr, dass sich der Darm durch seine Peristaltik auffädelt und die Darmwand durch den so gespannten Faden zerschnitten wird, wobei Darminhalt in die Bauchhöhle gelangt, was zu schweren Entzündungen führen kann. Aber nicht nur durch Fremdkörper entsteht ein Darmverschluss. Auch wenn sich ein Darmanschnitt über den anderen stülpt (Invagination) entsteht ein Ileus. Ist die Darmwand durch die Minderdurchblutung oder durch eine Verletzung nicht mehr intakt, muss der betroffene Teil des Darms entfernt werden, dies bezeichnet man als Enterektomie. Ist die Darmwand trotz eines festsitzenden Fremdkörpers noch ausreichend durchblutet, ist es möglich den Darm nur zu eröffnen und danach wieder zu vernähen. Dies bezeichnet man als Enterotomie.

Auch durch Tumore oder Ulzerationen, wie Magen- oder Darmgeschwüre, kann es notwendig werden, Anteile des Magen-Darm-Traktes zu entfernen. Seltener als am Magen und Dünndarm ist die Entfernung von Teilen des Dickdarms. Aber auch die kann nötig werden, z.B. beim Megakolon der Katze.

Auch diagnostische Operationen werden am Magen-Darm-Trakt durchgeführt. Im Gegensatz zu Gastro-, Gastroduodeno- oder Koloskopie, bei der nur Proben der Schleimhaut des Magen-Darm-Traktes gewonnen werden können, ist es bei einer chirurgischen Probennahme möglich sog. Vollschichtproben von jedem Bereich zu gewinnen. Es werden also alle Schichten der Magen- bzw. Darmwand gewonnen. Durchgeführt wird eine solche Probengewinnung z.B. bei dem Verdacht einer Tumorerkrankung oder eine IBD (inflammatory bowel disease).

Aber auch die seltenere Hiatushernie oder die Entfernung von hypertropher Schleimhaut und Muskulatur am Magenausgang sind Indikationen für Operationen am Magen-Darm-Trakt.

Um einen absoluten Notfall handelt es sich beim Magen-Dilatations-Volvulus-Syndrom. Dieses beinhaltet zum einen die Magendrehung (Torsio ventrikuli), zum anderen eine Drehung des Dünndarms um seine eigene vaskuläre Aufhängung (Volvulus). Beide bedürfen einer sofortigen Stabilisierung der Herzkreislauf-Situation des Tieres und einer zügig folgenden chirurgischen Intervention.